地面装修：由于一般送风系统的回风口多位于房间下部，再加上医护人员在地板上的走动和各种设备的移动，所以导致地面的污染度比墙和吊顶要高得多，大量尘粒由地面产生故引起安徽人和环境重视。
地面材料要求平整、耐磨、防滑、耐腐蚀（酸、碱、药）、易清洗、不起尘及不开裂装饰材料，国内常采用现浇水磨石，取其光滑、耐磨、不起尘、防静电、易清洗之长，但不宜采用过氧乙酸稀释液洗消，否则会与碱性的水泥起反应导致麻面，水磨石宜用425号或以上水泥，石子粒径5——15mm，以防止开裂、掉石子、起砂，瓷砖、马赛克（陶瓷锦砖）等接缝较明显的材料在某些低级别的洁净手术室中也有应用，但一般不推荐。
较高档的地面装修可选用橡胶、聚胺脂涂料、树脂类板材等，如在欧美、日本的许多医疗手术环境中，都采用了弹性塑胶卷材作地面材料。它最显著的优点，就是少接缝（通常采用热熔焊接进行卷材间的连接，焊条由与卷材相同的塑胶材料制成），可避免污物及细菌的堆积，另外，它还具有耐污易洁、脚感舒适、花纹款式多样、安装及更换简便等水磨石无法比拟的优点。
百级手术室可选用防静电、抗菌、防火、耐磨的橡胶地板、淡黄色PVC地板；千级、万级手术室可选用米黄色水磨石板或人造石地板。但需要注意的是无论选择橡胶地板或人造石地板以及水磨石地板，地面与墙体都要联成一体，成R40的圆弧阴角进行处理。
在垂直层流手术室，如采用地面或地沟回风，回风部位应选用块状活动隔栅地板；地面不宜设地漏，否则应有防室内透空气污染措施——如设置高位水封地漏。
墙面装修：新建洁净手术室，墙体一般都采用轻钢龙骨隔墙构造，方便手术室所用的各种管线及墙上固定设备的暗装。墙面装修面层应采用硬度较高、整体性好、拼缝少、缝隙严密，具有保温、隔热性能装饰材料。近年来比较常见的有不锈钢板、铝合金板（为了防止炫目均应做成亚光面）、彩色钢板和其它复合型板材。墙面一般要求垂直地面，但也有专家建议，墙面可内倾3度，不仅可减少积尘，而且可使光线反射的角度有利于医护人员操作。
拼缝处理采用密封胶，并且结合送、回风口、观察窗、嵌入式观片灯、消毒柜、开关接口以及墙上固定的器械柜、药品柜等将墙面组合成整体，尽量减少凸凹面和接缝。
另外，在我国许多中小医院低级别洁净手术室的新建或改建工程中，可因地制宜，选用瓷砖到顶的方法，但易使用直角形瓷砖，以避免瓷砖的小圆角拼缝处积灰和不易清洁滋生细菌的不足。
无菌区墙面可采用600×600mm淡绿色瓷砖一通到顶。踢脚板宜凹进墙面1cm，并与地面成为一体，阴角半径为40mm圆角。通道两侧及转角处墙上应设二道防撞板。
顶面装修：顶棚底面需布置与安装高效过滤送风口、照明灯具、烟感灭火器等，各种管线均应隐藏在顶棚内。故顶面装修是洁净手术室装修中的重点之一，可选用轻钢龙骨600×600mm乳白色彩钢净化板等大块体面板吊顶为宜，由于吊顶上风管等振动影响较多，故建议控制振动脱落比控制材料表面硬度更为重要。吊顶材料宜采用密封胶灌缝或用压条处理，使之形成整体防止上部空间灰尘通过缝隙污染气流。
另外还有一种硬吊顶的做法，即直接在钢筋混凝土楼板底面按洁净度要求进行装修，较适合在层高较低的手术室中应用。在钢筋混凝土顶板下用硬塑料板贴面处理（在现浇钢筋混凝土楼板时，作为模板一次打入板底）。硬顶做法的特点是强度高，上人和安装检修均方便，但自重大，送风口和灯具在安装时需打孔。施工相对处理较为复杂，优点是不易变更，在做这种吊顶时注意防水尤为关键。
洁净手术室的墙面与平顶、墙面与地面及不同的墙面与墙面相交处的阴（阳）角，宜做成小圆角构造（R≥50mm），以避免积尘，方便清扫。也有许多洁净手术室把墙面与平顶、墙面与墙面相交处用斜板方式连接，更有利于减少积尘，消除气流涡流区，天花顶面无影灯为暗装，可为二级顶面，二级顶两侧采用电动轨道，自动开合，尽可能减少污染。
门窗：一般洁净手术室采用人工照明，不设外窗，认为室外尘菌可以通过窗的缝隙潜入手术室内，而且手术室又不依赖天然采光等条件，故在洁净手术室设计中一般不设窗户。但近年根据心理医学专家研究表明，在无窗的洁净手术室中，医护人员及病患者困与外界完全隔绝，都易产生抑郁、烦躁等不良情绪，不利于手术顺利进行（尤其是时间较长的大型手术）