硬件设施中洁净厂房是资金投入最大的部分之一，洁净厂房建成后，能否达到设计目的，是否符合GMP的要求，最终要通过检测来确认。在检测洁净厂房过程中，有部分洁净度检测不合格，有的是整个工程检测不合格，虽然甲乙双方通过整改、调试、清洁等，最终达到了要求，但往往浪费了大量的人力和物力，耽误了工期，延误了GMP认证的进程。有些原因和缺陷在检测前是完全可以避免的。
车间洁净度不合格，往往被人们所忽视......
1、工程设计不合理
这种现象比较少见，主要是在一些小型的净化级别要求不太高的车间净化工程上。现在净化的竞争比较激烈，一些施工单位为了得到工程，在投标中给出了较低的报价。
2、用低档产品替代高档产品
在洁净室高效过滤器的应用上，国家规定在洁净度10万级或高于10万级以上的空气净化处理，应采用初效、中效、高效过滤器的三级过滤。
3、送风管或过滤器密封不好
这种现象是施工粗糙造成的，在验收时会表现出在同一系统中某个房间或局部不合格，改进的方法是，送风管采用漏光试验法检漏，过滤器用粒子计数器对过滤器的断面、封胶、安装框架进行扫描，找出泄露位置，精心密封。
4、回风管道或回风口设计、调试不好
在设计方面的原因，有时因空间所限未能采用“顶送侧回”或者回风口数量不够，在设计方面的原因排除后，回风口的调试也是重要的工工环节。如果调试不好，回风口阻力过大，回风量小于送风量，也会造成洁净度不合格。
5、检测时净化空调系统自净时闻不够
国家标准规定，应在净化空调系统正常运行30min后开始测试工作。如果运行时间太短，也会造成洁净度不合格。这种情况下，适当延长空调净化系统运行时间日即可。
6、净化空调系统没有清扫干净
在车间净化工程施工过程中，整个净化空调系统，尤其是送、回风管道都不是一次完成，施工人员和工环境都会造成通风管道和过滤器的污染。如不清洁干净，将直接影响检测结果。改进措施是，边施工边清洁，面前一段管道安装完成彻底清洁后，可用塑料薄膜密封，避免环境等造成的污染。
7、洁净车间清涪不彻底
毋庸置疑，洁净车间在检测前必须彻底全面清扫，才能进行检测。要求最后的擦拭人员，身着洁净工作服进行清扫，以排除清扫人员人体造成的污染。清洗剂可以选用自来水、纯水、有机溶剂、中性洗涤剂等。有防静电要求的，最后用沾有防静电液的抹布全面擦拭一遍。