国家标准《洁净手术室用空气调节机组》明确对洁净手术室空调循环机组提出了如下的要求，应防止机组内部积尘滋菌，保证所输送的空气满足卫生要求，防止滋生细菌的有效方法之一是保持设备的干燥和清洁，消除积尘相对较为简单，所以设计思路的关键在于“湿度控制优先观念”，因此，设计空调机组时优先考虑去除机柜内的水分，净化空调循环机组中各功能段的排序应充分考虑手术室特殊场合其特有的生物控制要求，应该针对二次污染采取可靠有效的控制措施，应该在洁净手术室净化空调循环机组功能段排序上采用创新的顺序方式来满足国标的要求。
循环机组自动控制主要通过上位机实现对相应机组的室内温度、湿度、压力、过滤器状态等参数及机组的运行状态、故障状态进行监测；远程设置手术室内的温度、湿度、压力等并可远程调整PLC中的控制参数，保证环境参数的恒定，符合手术要求；各洁净手术室通过室内控制面板就地显示温度、湿度、风机状态、机组的运行状态和故障报警信息，并可以设置室内的温、湿度及压力。
循环机组对经新风机组预处理的新风和洁净手术室回风混合后进行温度调节、湿度调节和空气洁净度处理后送入手术室。其目的是保证空调系统中的送风风量、温度、湿度和手术室内外压差在设定范围内，系统主要是对循环机组的运行情况进行监控，经新风机组处理过的新风通过新风进风口进入机柜，在新风进风口设有一个新风阀，可以根据手术室对新风量的实际需求控制新风阀的开度来控制进入风机柜的新风量。新风和洁净手术室回风在回风段进行充分混合，然后经过粗效过滤器对空气进行过滤，除去空气中的尘埃，在粗效过滤器处安装有压差变送器，它的作用是检测过滤器两端的压力差，如果压力差大于设定值，说明空气不能顺畅的通过过滤器，压差变送器将检测到的压差值传送至PLC，PLC根据设定值判断过滤器的状态，如有压差值超过设定值，则将信息传送至上位机，并显示故障报警信息，提示需要更换过滤器。