由于洁净空调系统的特点和普通空调系统不同，因此空气处理过程和空气处理的参数也不同，在选择空调箱时，必须满足洁净空调系统的要求。
空调箱必须具备初、中效二级过滤的功能。初、中效过滤器要根据洁净空调系统对洁净度的要求和工程所在地室外环境的大气含尘浓度来选择过滤效率（过滤级别）。还要考虑初、中效过滤器的阻力和容尘量。初、中效过滤器的阻力分初阻力和终阻力，选择空调箱的风机时应按它的终阻力来计算容尘量，也就是初、中效过滤器的使用寿命。初、中效过滤器还分可清洗的和不可清洗的两种，选择时应根据工程的具体情况和业主的要求来选择。
因为多级过滤器的阻力很大，表冷器的排数多，阻力也增大，所以洁净空调系统的空调箱所选用的风机风压要比普通空调系统高许多，空调箱的壁板承受的压力也就大多了。洁净空调系统对漏风量的控制也应比普通空调系统更严格，因为系统的漏风不仅影响室内的温湿度或造成能源浪费，还会影响无尘车间的洁净度，因此对洁净空调系统的空调箱结构要求更高，无论是板式还是框架式结构都要求变形量最小。
由于工艺要求，无尘车间系统往往是室内的温湿度基数比普通空调要低，因此送风状态点的温度也相应比较低。为了让空调箱箱壁不结露，对空调箱箱壁保温材料的厚度和传热系数的要求更高，空调箱连接点的冷桥处理要求更高，必要时要做结露校核计算。
设计规范规定无尘室内的噪声不高于60db。洁净空调系统的风量比普通空调系统的风量要大，风系统的阻力也大，选用的送风机风量大，风压也大，风机转速也要高，所以产生的噪声也就大。为了满足规范的要求，往往还要在空调箱内设置消声器。为了避免消声器的吸声材料成为发尘源，一般在洁净空调系统的空调箱内都选用微穿孔板消声器。微穿孔消声器的消声量要根据消声器的长度计算。
无尘车间建造所用的空调箱加湿器的选择要考虑空调箱系统所用的空调箱内壁要可以消毒。
无尘车间工程的系统空调箱功能锻数要多于普通空调系统，而且维护保养的要求也比较高，例如初、中效过滤器需要经常更换。空调箱内壁要清洁、消毒，所以空调箱的长度也比普通空调系统的空调箱长。为了节省空调机房的面积，在满足使用功能的前提下，应尽可能使结构紧凑。
无尘车间系统中化学过滤器应根据生产过程中所产生废气的性质和废气的量来确定化学过滤的种类，防止洁净空气循环次数多而使废气的浓度越来越高。洁净空调箱在新风入口段是否要设置化学过滤器，要根据工程所在地的大气环境来决定。如电子厂房设置在海边，海水蒸发会使空气中的氯、钠离子数量增加。若不作处理，离子进入无尘车间会对产品造成影响，就应该在新风入口处设置化学过滤。
无尘车间系统选用空调箱风机时要考虑到洁净空调系统的风阻力比一般空调系统要大，因为有初、中、高效三级过滤而且阻力变化也很大。初、中、高效三级过滤器从初阻力一直到终阻力的阻力叠加数值占整个洁净空调系统总阻力的比例很大，因此空调箱应该选用变频风机，这里选用变频风机不是为了改变洁净系统的送风量，而是为了适应初、中、高效过滤器的阻力变化。全新风洁净空调系统中，若因工艺发生变化造成排风量的变化，为了保证室内的正压值不变，可以通过送风机的变频来相应改变送风量。